北京地磁观测是上世纪50年代,根据我国地磁学者陈宗器等提出的台站布局规划,并配合国际地球物理观测,从1952年选址,1955年建设,于1957年正式观测,同国内的佘山台、长春、广州、兰州、武汉、拉萨、乌鲁木齐7个台站,形成了中国解放初期地磁观测系统中的所谓“老八台”。
1957年,北京地震台安装西德的地磁相对观测Mating型用于连续记录。1959年,正式出版第一卷观测报告。2008年完成数字化改造。目前运行的观测设备主要为FHDZ-M15型地磁总场与分量组合观测系统、GM4型磁通门磁力仪、MINGEO DIM型偏角/倾角经纬仪等。数据实时传输到中国地磁台网中心。1984年被“国际地球观测年”组委会授予银质奖章。